En los inicios del siglo XIX el quehacer microbiológico en Costa Rica estaba en las manos de algunos pocos profesionales en medicina y farmacia.

Con la Universidad de Santo Tomás en 1843, se inicia en el país la formación de profesionales en las carreras de Derecho, Agronomía, Bellas Artes y Farmacia, teniendo estos últimos como parte de sus funciones el trabajo microbiológico de diagnóstico clínico.

En 1913 vuelve al país el Dr. Clodomiro Picado Twight con su conocimiento y formación en los laboratorios de los más importantes centros científicos franceses, y es nombrado por la Junta de Caridad de San José, como director del nuevo laboratorio clínico del Hospital San Juan de Dios.

El Dr. Picado estructuró el laboratorio clínico del Hospital San Juan de Dios en varias secciones: Bacteriología, Parasitología, Química Clínica, Serología y Hematología. De este modo puede decirse que debemos al Dr. Clodomiro Picado el perfil que tomó el profesional en Microbiología y Química Clínica.

La Universidad de Costa Rica abre sus puertas por primera vez en 1940, y en 1941 se inaugura la Escuela de Ciencias.

Entre 1946 y 1947 se crea la sección de Bacteriología de la Escuela de Ciencias de la U.C.R.

El 25 de Octubre de 1949 mediante el decreto 771 de la Junta Fundadora de la Segunda República se crea el Colegio de Microbiólogos.

29 de setiembre de 1950, se hace la asamblea inaugural, teniendo como miembro honorario al Dr. Clodomiro Picado T.

El 26 de abril de 1954 se menciona el cambio en el Código Sanitario Nacional de la palabra "Microbiólogos" por "Microbiólogos y Químicos Clínicos".

En 1956 se crea la Facultad de Microbiología en la Universidad de Costa Rica.

En 1957 entra en vigencia el Reglamento Interno del Colegio de Microbiólogos y Químicos Clínico.

1961 se crea el escudo actual.

1976 el Colegio de Microbiólogos se traslada a la sede en la que se encuentra hoy.